El doctor Arindam Ghatak de la Universitat de Viena ha dut a terme un perfil de proteòmica d'alt rendiment de la varietat de patata Desiree per obtenir una imatge completa i imparcial de les alteracions en el proteoma de la patata (la suma de totes les proteïnes presents) en resposta a diverses situacions d'estrès.
Les plantes es van cultivar en un experiment pilot a PSI, amb seu a la República Txeca, soci del projecte.
Totes les proteïnes es van aïllar i pre-fraccionar per a aquest complex examen abans de ser digerides i sotmeses a espectrometria de masses, la qual cosa permet la detecció de centenars de proteïnes diferents en una sola mostra i, a més, la quantificació de la seva abundància. Després es va utilitzar el programari Proteome Discoverer per analitzar les dades recollides (Thermo, Alemanya). Les proteïnes es van identificar mitjançant la base de dades interna de Solanum (generada per NIB Institute, Ljubljana, Eslovènia).
De la collita 1 (un dia després de l'estrès) i la collita 3 en total, es van trobar 10341 proteïnes (8 dies després de l'estrès). A la collita 1, l'estrès de saturació d'aigua va ser on es va observar la modulació més alta del proteoma. Aquí, les proteïnes implicades en la senyalització, el metabolisme dels lípids i la unió de l'ARN van mostrar una major activitat en comparació amb els controls. De la mateixa manera, durant l'estrès per calor en comparació amb els controls, es van augmentar les proteïnes implicades en la fotosíntesi i el metabolisme secundari, revelant el mecanisme de resposta a l'estrès del proteoma.
D'acord amb la collita 1, la collita 3 també va mostrar que l'estrès de l'aigua, la calor i els efectes combinats de la calor i la sequera eren les tensions que van identificar la regulació del proteoma més forta. En comparació amb els controls i altres tensions, la senyalització 14-3-3 es va elevar sota l'estrès d'aigua, que afecta les proteïnes classificades com a pertanyents a la categoria funcional del metabolisme energètic.
"A partir de la identificació preliminar, l'engordament i l'estrès per calor van demostrar la regulació més forta a nivell de proteoma en comparació amb altres tensions. Tanmateix, serà interessant veure el proteoma de la fase de recuperació en comparació amb altres punts de temps de collita, especialment durant l'estrès per sequera. Hi ha més mineria de dades en curs per obtenir informació detallada sobre els mecanismes de resposta a l'estrès de les plantes i la fase de recuperació a la varietat de patata Desiree", van escriure els científics.
El projecte de la UE Horizon 2020 Accelerated Development of multiple-stress tolerAnt Potato (ADAPT), en el qual participa Europatat, té com a objectiu desenvolupar noves estratègies per adaptar les patates a les difícils condicions de cultiu del futur.
Un dels objectius principals del projecte és investigar els canvis morfològics, fisiològics, bioquímics i moleculars de la patata en resposta a l'estrès de calor, sequera i engordament únic i combinat mitjançant l'aplicació de fenotipats d'alt rendiment i tecnologies OMICS (genòmica, transcriptòmica, proteòmica o metabolòmica).
Una font: https://www.potatobusiness.com