L'escassetat crítica de llavors de qualitat de varietats productives i adaptatives és probablement la principal limitació a la producció de patata als països de l'ASS. El rendiment i la qualitat de la patata produïda depèn de la qualitat de la patata de llavors plantada. La majoria de petits agricultors de l'ASS reciclen les patates de llavor durant diverses temporades, donant lloc a baixos rendiments de qualitat inferior a causa de la degeneració de les llavors, que és causada per malalties transmeses per llavors. També se sap que molts petits agricultors estalvien de les seves collites petits tubercles que no poden vendre com a llavor, augmentant la probabilitat d'infecció per virus, incloent virus molt importants que redueixen el rendiment: potato leaf roll virus (PLRV) i potato virus Y (PVY). El pitjor encara és que hi ha agricultors que utilitzen patata per a llavors que compren de fonts desconegudes, augmentant les possibilitats no només de propagar virus, sinó també de la disseminació de la marchitació bacteriana (BW) causada per Ralstonia solancearum, entre diverses altres malalties transmeses per llavors que se sap que redueixen el rendiment.
Conscients d'aquesta tendència tan perillosa, les organitzacions públiques de recerca, els agricultors comercials, les ONG i el sector privat han donat suport a la producció de llavors de millor qualitat mitjançant sistemes de llavors formals, intermedis (també anomenats alternatius) i informals. El sistema formal de llavors, que segueix estrictes procediments de producció i certificació de llavors, és la manera més segura de produir llavors de qualitat. La certificació de sembra de patata més estricta la practica a Kenya el Servei d'Inspecció Sanitària de les Plantes de Kenya (KEPHIS). No obstant això, la llavor formal cobreix només menys del 5% dels requisits de llavors de patata als països més reeixits com Kenya, i segueix sent inferior al 3% a la majoria dels països de l'ASS. Aquest sistema produeix llavors cares que els agricultors no es poden permetre fàcilment, i la producció es limita a només unes poques ubicacions augmentant els costos de transport per arribar als agricultors. Això, juntament amb la petita quantitat que produeix, no el converteix en un solucionador de problemes eficaç sinó en una base per a sistemes posteriors. El sistema alternatiu o intermedi té components tant formals com informals i es produeix més a prop dels agricultors. Aquest sistema segueix majoritàriament un sistema de producció de llavors de qualitat declarada (QDS) seguint certs criteris, que poden variar segons els països. A Etiòpia, tot i que és menys estricte que el formal pel que fa a la infecció i la puresa del virus, té tolerància zero al BW, ja que és la malaltia més devastadora de la patata del país. Kenya també té tolerància zero al BW. Aquest tipus de llavors és produïda per agricultors comercials formats, cooperatives i alguns petits agricultors avançats. Aquests productors obtenen llavors bàsiques dels centres d'investigació (sistema formal) i amplien encara més la llavor per obtenir quantitats segons la normativa QDS. La llavor que produeixen és inspeccionada pels inspectors governamentals, per exemple, a Etiòpia tant al camp com a la botiga (botiga de llum difusa, DLS). Aquesta llavor es pot infectar amb BW en el procés de producció de QDS si el sòl està infestat amb el bacteri. Malauradament, els inspectors no poden detectar-ho fàcilment perquè només realitzen una inspecció visual.
Per posar en marxa un sistema de producció de llavors de qualitat sòlid per millorar el rendiment dels tres sistemes comentats anteriorment, la disponibilitat de patata de llavors neta de generació primerenca és un requisit previ. La majoria dels països de l'ASS, entre d'altres, Burundi, Etiòpia, Kenya, Malawi, Ruanda, Tanzània i Uganda tenen infraestructures bàsiques, com ara laboratoris de cultiu de teixits, aeroponia i cases de criba on es produeixen minitubers nets a partir de plántules in vitro. En alguns d'aquests països, les unitats d'aeroponia no s'han utilitzat de manera eficient a causa de l'interrupció del subministrament elèctric i l'escassetat de nutrients. A més, és evident assenyalar que hi ha la possibilitat de difondre BW amb llavor de generació primerenca perquè les proves de BW en totes les etapes de producció de llavors de generació primerenca a partir dels minitubers no s'implementa de manera estricta. Alguns estudis han demostrat que la BW s'ha difós a zones altes no tradicionals amb moviment de llavors probablement des de centres de recerca.
Malgrat tot, algunes tendències en relació a la producció de llavors de qualitat són encoratjadores, per exemple, la granja Kisima produeix unes 200 ha de llavor de patata a l'any que està certificada oficialment com a neta. A Etiòpia, moltes cooperatives i alguns agricultors comercials també produeixen QDS de qualitat acceptable, la qual cosa és un pas en la direcció correcta. Qualsevol suport concedit a la producció de llavors de qualitat per vendre'ls als productors de patata a l'ASS contribuirà a la transformació de la indústria de la patata, la qual cosa li permetrà contribuir de manera significativa a la seguretat alimentària i als ingressos de les llars i a la macroeconomia dels països respectius.
Granja Kisima és el major productor de patates de llavor certificat de Kenya que subministra al voltant del 75% del total de patata de llavor certificada disponible al país. Produeix patata de llavors per a les varietats preferides dels agricultors que són principalment criades KALRO/CIP i algunes varietats HZPC en funció de la demanda. Produeix anualment més de 4000 TM de patates de les quals el 75% està qualificada com a llavor amb una mida de tubercle de 28-45 mm (talla 1) i, 45-60 mm (mida 2). Per garantir que la patata de llavor que produeix sigui neta, parteix de plántules in vitro que adquireix de GTIL i Stokmen Rozen i creix en aeroponia per produir minituberculs que després s'agrupen en quantitat en un sòl net.
Molts multiplicadors de llavors a petita escala, individualment o organitzats en grups, han començat a cultivar llavors de qualitat a partir de la llavor certificada que compren a la granja Kisima, que venen a altres productors de patates. Aquests agricultors han guanyat molts diners ja que els seus rendiments van augmentar al voltant d'un 60%, la qual cosa va provocar un augment corresponent dels ingressos familiars. Els agricultors no sempre han de recórrer llargues distàncies fins a Kisima per obtenir llavors de qualitat perquè els productors de llavors a petita escala la posen a prop d'ells.