Luka Wanjohi és un soci regional de gestió del coneixement sènior al Centre Internacional de la Patata d'Uganda i treballa amb el projecte d'avanç genètic i sistemes de llavors innovadors (SweetGAINs). Va parlar amb l'especialista en comunicacions regionals, Vivian Atakos, sobre com les estadístiques estan alimentant els avenços en la millora de plantes mitjançant la racionalització de com es recull i es comparteix la informació.
P: Quan es pensa en les estadístiques de millora vegetal i la recollida de dades no són necessàriament el primer que ens ve al cap. Quin paper juga la gestió de dades en el desenvolupament i l'adopció de varietats vegetals millorades?
LW: Les dades es poden veure com el centre i l'ànima de les activitats de recerca. Sweet GAINs treballa a diferents països amb diferents socis, cadascú té una manera diferent de recollir dades i gestionar les seves activitats de recerca. Es requereixen activitats de gestió de dades adequades i molt estandarditzades per garantir que podrem tenir èxit en utilitzar les dades per prendre les nostres decisions de selecció. Els obtentors de plantes confien en les dades per prendre bones decisions de selecció. Abans de llançar una varietat, volem entendre què estem substituint. Per què creiem que és necessari un nou llançament varietal en un país?
Q: Quins són els riscos de no sistematitzar les dades generades per un programa de cria modern?
LW: Si no estem recopilant les nostres dades i definint els trets que recollim de manera estandarditzada, ens serà difícil compartir dades. Trobareu que quan no disposeu d'una manera sistemàtica de gestionar les vostres dades, és possible que les persones que no hi eren quan es van generar aquestes dades tinguin dificultats per treballar amb aquestes dades. Finalment, no sistematitzar les dades significa que corre el risc d'introduir molts errors, perdre dades o recollir dades danyades. Això fa que sigui molt difícil que utilitzeu aquestes dades sense fer el que anomenem cura de dades: un procés costós i tediós. Fins i tot després de la curació, algunes dades es perdran o no es podran utilitzar.
L'estandardització de la recollida i la gestió de dades ajuda als obtentors de plantes a basar-se en el treball dels altres. En el passat, la recollida de dades no s'estandarditzava d'un projecte a un altre i d'un lloc a un altre, cosa que va provocar una mala interpretació o costoses pèrdues de temps (foto: Isabel Corthier/CIP)
P: Per què és important implementar procediments operatius estàndard per a la gestió de dades en la millora vegetal?
LW: Els beneficis clars que veiem pel que fa a la implementació d'aquests procediments operatius estàndard (SOP) és que som capaços d'establir estàndards clars per a dades d'alta qualitat pel que fa a la manera com fem els nostres dissenys de prova. El nostre enfocament de la digitalització gestiona com recollim les dades, quins equips millorats fem servir, etc. L'altre avantatge és que ens assegurem que les dades que recollim siguin dades comparables avui i demà en els diferents entorns i països en què estem treballant.
P: Quins són els reptes de no estandarditzar les dades en un programa?
LW: Si volem fer una anàlisi conjunta en el futur, necessitem sistemes de denominació estandarditzats. Per diferenciar un assaig avançat d'un assaig preliminar, fem servir la mateixa ontologia. Per exemple, fa un temps, volíem veure com està afectant la malaltia del retrovirus del moniato a les nostres plantes, però va ser un repte perquè en el passat un grup podia puntuar en una escala d'un a cinc, en funció de la gravetat de l'efecte de un virus a la planta. Aleshores trobaríem un altre programa puntuat en una escala d'un a tres, i un altre utilitzaria un sistema de puntuació d'un a nou. Quan parlem d'ontologia, estem estandarditzant aquestes puntuacions perquè siguin iguals en tots els programes. També utilitzem BreedBase per centralitzar l'emmagatzematge de totes les nostres dades i ens permet fer un seguiment de les dades de la prova a través de diferents transicions (de programes) i escollir problemes potencials al principi del nostre treball, en lloc de descobrir que vam recopilar o emmagatzemar les dades incorrectes al moment. molt quan vols fer una anàlisi.
Q: Com ajuden la recollida i la gestió de dades els criadors a orientar-se als trets preferits, a racionalitzar el seu treball i a reduir els costos globals?
LW: Un procés eficient de gestió de dades dóna suport al criador en la recollida de dades ràpida i rendible, que li permet recollir moltes dades, analitzar-les i prendre decisions de selecció per donar suport al seu treball. Els criadors normalment treballen amb moltes accessions. He vist assajos a Uganda, on una trama tenia unes 7000 entrades en una prova que atén 7000 parcel·les. Quan teniu un gran nombre d'adhesions, voleu poder entrar, recollir les vostres dades ràpidament i de manera eficient. La posada en marxa d'un procés que permeti fer-ho digitalment s'evita les entrades en paper que corren el risc d'una transcripció errònia de dades durant la digitalització. Les nostres eines tenen comprovacions integrades per assegurar-nos que estem recopilant les dades adequades o restringint l'entrada de dades tant com sigui possible. Només es poden recollir els valors permesos que puguin ser. Això permet una anàlisi ràpida de dades perquè ja està digitalitzada i compartir-les fàcilment amb els companys i altres persones que ajuden amb l'anàlisi de dades.
P: Expliqueu-nos com l'ús de codis de barres ajuda a racionalitzar la informació.
LW: Fa temps que utilitzem moltes etiquetes amb codi de barres. Es recomana als programes que s'assegurin d'imprimir etiquetes dels seus materials a les tambors i al camp. L'essència de l'etiqueta amb codi de barres és poder fer un seguiment del moviment d'una adhesió determinada o d'un genotip determinat en diferents camps de treball. BreedBase, la nostra base de dades, genera un identificador únic per a cada parcel·la que col·loqueu al camp, i posem aquest identificador al codi de barres, de manera que podem fer un seguiment del rendiment d'una entrada determinada des del camp fins a la collita, i quan el portem al laboratori per analitzar-lo, etc.
P: Quins consells doneu a altres organitzacions que volen implementar els procediments operatius estàndard als seus programes de millora?
LW: Hem après que els nostres SOP són un document viu. Calia desenvolupar-hi perquè un cop tens un document de referència és fàcil que la gent torni a mirar-lo i doni suport a la gent que es troba dispersa per tota la regió. El meu consell als altres seria que el desenvolupament hauria de ser part integrant de les activitats que esteu fent avui. Comenceu petit, documenteu els tràmits tal com són avui. Iterar amb els equips de cria, amb les persones que realment estan implementant les activitats de millora i esforçar-se per millorar contínuament aquest document. No intenteu tenir a punt un document perfecte. Comenceu escrivint-ne un i després, mitjançant els esforços col·laboratius de tots els membres de l'equip, busqueu capturar tots els processos i totes les activitats rutinàries del programa de cria. Perquè amb el temps, tindreu un document el més inclusiu possible i reculli totes les activitats que esteu realitzant en el vostre programa.
Visiteu-nos a SoundCloud per escoltar el Podcast SweetGAINS amb Luka Wanjohi i altres científics que modernitzen la millora vegetal.
